Big Brain Academy volgt het succes van het gelijknamige denkspel op de Nintendo DS. Ook in deze game krijg je zodoende allerlei vraagstukken in de vorm van minigames voor je kiezen. Deze problemen moet je allemaal oplossen met behulp van de Wii-afstandsbediening. De minigames zijn onder te verdelen in vijf categoriën: visualisatie, geheugen, analyse, berekenen en identificeren. Om de vraagstukken op te lossen moet je bepaalde activiteiten doen. Denk hierbij aan het laten knappen van ballonnen in een bepaalde volgorde.

De game is in je eentje, maar ook met of tegen een vriend te spelen. Elke speler kan eenvoudig zijn eigen scores bijhouden, doordat je de data kunt koppelen aan je eigen Mii. Bovendien kun je de scores en prestaties van anderen downloaden via WiiConnect24. Het is dan mogelijk om het in de Mind Sprint-modus tegen die scores op te nemen.