« Combattez le futur »

Deux personnes opposées, Fox Mulder, « ouvert d'esprit », et Dana Scully, sceptique, travaillent au FBI depuis plusieurs années sur les X-Files : des affaires non résolues avec une touche surnaturelle. En raison des conflits constants qu'ils entretiennent avec leurs supérieurs, les X-Files ont récemment été fermés, après quoi Mulder et Scully ont été menacés à la bombe. Si le bâtiment du gouvernement est ensuite détruit, ils risquent d'être blâmés. Ils décident d'enquêter de manière indépendante. Mulder découvre que ses soupçons quant à la présence d'une vie extraterrestre sur Terre sont vrais : il existe une société secrète qui cache toutes les informations à ce sujet. Une épidémie d'activité extraterrestre au Texas marque le début de l'enquête.